O prêmio oficial do Festival Guarnicê de Cinema é o Troféu Guarnicê, entregue aos vencedores das mostras competitivas.
Nas mostras competitivas de longas e curtas nacionais e maranhenses, o festival premia: melhor direção; melhor roteiro; melhor direção de fotografia; melhor montagem/edição; melhor trilha sonora original; melhor desenho de som; melhor direção de arte; melhor ator; melhor atriz; melhor ator coadjuvante; melhor atriz coadjuvante.
Na edição 2023, o festival também tem premiação em dinheiro para o melhor longa-metragem nacional, no valor de 20.000,00 (vinte mil reais) dedutíveis de impostos, e para o melhor curta-metragem nacional, no valor de 10.000,00 (dez mil reais) dedutíveis de impostos.
O Guarnicê também possui o Prêmio Assembleia, que é dividido em três categorias. O Prêmio Mauro Bezerra é destinado ao melhor filme de curta-metragem maranhense, o Prêmio Bernardo Almeida ao melhor longa-metragem maranhense e o Prêmio Erasmo Dias ao melhor filme de longa ou curta-metragem maranhense eleito pelo júri popular. O valor para cada um dos prêmios é de dez salários mínimos.
Os melhores filmes eleitos por júri popular também são premiados, nas categorias: melhor longa nacional, melhor curta nacional e melhor longa ou curta maranhense.
